Il succède au Général Voyron, et trouve le pays en pleine rébellion menalamba. L'autorité du résident Laroche est affaiblie, bien qu'il signe l'abolition de l'esclavage la veille de son départ, en septembre. Devant la situation où les Français soupçonnent les Anglais d'encourager la révolte via les Protestants, il décide de choisir deux personnes symbolisant les classes qu'il veut rabaisser : ce seront le Prince Ratsimamanga, représentant la noblesse merina qui vient de perdre le pouvoir et qu'il suppose donner des ordres aux menalamba ainsi que le Ministre de l'Intérieur anglophile et protestant, Rainandriamampandry. Les deux hommes sont fusillés sur ses ordres le 15 octobre 1896. Il mène ensuite une politique de pacification basée sur la tactique dite de "tache d'huile", où la paix est censée revenir autour d'îlots sûrs, points d'autorité et d'ordre dispersés sur le territoire. Il joue une politique des races qui favorise systématiquement les côtiers aux dépens des Merina. Ceux-ci sont employés dans des fonctions d'auxiliaires. Son objectif affiché est de franciser les Malgaches en éliminant toute influence des Anglais : il impose l'enseignement du français dès 1897 dans un cadre laïc, ouvre l' Ecole Administrative et Commerciale "Le Myre de Vilers", l'Ecole Normale, l'Ecole de Médecine, et l'Institut Pasteur en 1899. Il crée aussi des Institutions telles que le Brevet de langue malgache, un journal, Vaovao en 1898, l' Académie Malgache en 1902.

Dans le secteur économique, il supprime les corvées, remplacées par un impôt, la capitation. Il dirige les travaux de construction de chemin de fer (Tamatave-Tananarive, pour lequel il fait venir 3000 Indochinois), du port de Diégo et de son camp retranché en 1900, mène l'ouverture de routes, d'hôpitaux, d'écoles. Il met fin symboliquement à la domination de la royauté en remplaçant la fête du Fandroana par le chant de la Marseillaise en malgache, le 14 juillet 1897. Assisté de Lyautey comme au Tonkin, il vient à bout de l'insurrection seulement en 1904, dans l'extrême Sud.

Il rentre en France en 1905, et écrit Neuf ans à Madagascar. Durant tout son séjour à Madagascar, il avait entretenu une correspondance avec l'explorateur Alfred Grandidier, dont le fils écrira une biographie de lui en 1931. Son successeur est le Gouverneur Schrameck. Après avoir été un des artisans de la victoire de la Marne en 1914 grâce à la réquisition des taxis de Paris, il meurt en 1916. La France lui fait des funérailles nationales. A Tananarive, le jardin d'Ambohijatovo portait son nom et s'ornait d'une statue équestre élevée en 1923, et brisée en 1972. Aujourd'hui, des boulevards portent son nom à Tuléar et à Majunga. [1.59]